Terug naar de hoofdpagina uitwerkingen
Uitwerkingen les 12
Opgave 1
opgave a
Zie deze link naar uniprot
Uniprot wordt ook besproken bij de Bio-informatica lessen.
Screenshot van een deel van de sequentie van isoform 1:
De lengte is: 314 aminozuren.
opgave b
Zie deze link naar de Peptide Cutter
Stel deze zo in dat alleen een Trypsine digest uitgevoerd wordt.
Resultaat:
| Name of enzyme | No. of cleavages | Positions of cleavage sites |
|---|---|---|
| Trypsin | 37 | 33 44 61 65 70 77 80 81 106 108 125 126 138 140 149 151 153 160 163 168 173 179 202 218 221 229 230 255 265 290 291 292 293 296 299 303 310 |
opgave c
BlastP gebruiken tegen menselijk refseq_protein eiwit databank. De mens is geheel gesequenced en uitstekend geannoteerd. Om minder “troep” te zien is het raadzaam om de refseq_protein database te gebruiken.
Het gaat hier om het zoeken naar een paraloog (homoloog eiwit in hetzelfde organisme) en niet naar andere isoformen van hetzelfde polypeptide!
Blast wordt uitgebreid behandeld bij Bio-informatica.
Overzicht van Blast settings:
Overzicht van het Blast resultaat:
Antwoord: tumor associated calcium signal transducer 2 [Homo sapiens (human)]
Ook wel bekend als: TACSTD2.
Screenshot van de alignment:
opgave d
Dus de peptiden gegenereerd na digest:
Deze zijn hadmatig uit Peptide cutter te halen.
Ik heb er (voor het gemak) een Python scriptje voor gebruikt om de volledige lijst te geven:
1 MAPPQVLAFGLLLAAATATFAAAQEECVCENYK 33
34 LAVNCFVNNNR 44
45 QCQCTSVGAQNTVICSK 61
62 LAAK 65
66 CLVMK 70
71 AEMNGSK 77
78 LGR 80
81 R 81
82 AKPEGALQNNDGLYDPDCDESGLFK 106
107 AK 108
109 QCNGTSMCWCVNTAGVR 125
126 R 126
127 TDKDTEITCSER 138
139 VR 140
141 TYWIIIELK 149
150 HK 151
152 AR 153
154 EKPYDSK 160
161 SLR 163
164 TALQK 168
169 EITTR 173
174 YQLDPK 179
180 FITSILYENNVITIDLVQNSSQK 202
203 TQNDVDIADVAYYFEK 218
219 DVK 221
222 GESLFHSK 229
230 K 230
231 MDLTVNGEQLDLDPGQTLIYYVDEK 255
256 APEFSMQGLK 265
266 AGVIAVIVVVVIAVVAGIVVLVISR 290
291 K 291
292 K 292
293 R 293
294 MAK 296
297 YEK 299
300 AEIK 303
304 EMGEMHR 310
311 ELNA 314
Verschillen zijn o.a. te vinden in de volgende peptiden (gegenereerd door eerder geanalyseerde trypsine digest):
Let op: Trypsine knipt na een K of R.
Bijvoorbeeld: peptide 141-149
opgave e
Zoek naar een peptide:
- dat niet te groot is (bijv 10 aa) na Trypsine digestie
- dat verschillen bevat t.o.v. een paraloog eiwit.
Bijvoorbeeld:
141 TYWIIIELK 149
222 GESLFHSK 229
266 AGVIAVIVVVVIAVVAGIVVLVISR 290
Deze peptiden kun je analyseren met:
Zie deze Fragment Ion Calculator
Hier is een voorbeeld te zien van de analyse van het peptide: 141 TYWIIIELK 149:
De $[M + 2H]^{2+}$ waarde van het precursorion is dus 589,8 Da.
Verder is ook de fragment ion table te zien van de y- (ammonium ionen) en b (acylium ionen) fragmenten te zien.
Resultaat voor peptide 222 GESLFHSK 229:
$[M + 2H]^{2+}$ = 452,7 Da
Fragment Ion Tabel niet verder getoond.
Resultaat voor peptide
266 AGVIAVIVVVVIAVVAGIVVLVISR 290:
$[M + 2H]^{2+}$ = 1214,8 Da
Fragment Ion Tabel niet verder getoond.